新款iPhone SE采用4英寸屏幕,苹果并未提及其分辨率水平,因此应与iPhone 5s保持相同;而硬件上iPhone SE则采用与iPhone 6s一代相同的64位A9处理器,原生搭载iOS 9.3;这意味着iPhone SE的理论性能与6s/6s Plus一代相当,而CPU性能二倍于同样为4英寸屏幕的iPhone 5s,GPU性能则三倍于iPhone 5s;iPhone SE还有M9协处理器加入,并支持实时待命的Siri。
拍照方面,iPhone SE采用与6s相同的1200万像素iSight摄像头,可以拍摄60fps的1080p视频以及240fps的慢动作视频,以及拍摄6300万像素的全景照片;值得一提的是iPhone SE的前置摄像头像iPhone 6s一样可以采用“Retina Flash”功能也就是屏幕瞬间的亮度提高来进行自拍时的补光。